Skema layanan kedua LPH Halal Nusantara adalah sertifikasi halal produk obat-obatan, meliputi obat tradisional, obat kuasi, dan suplemen kesehatan. Tahapan kewajiban sertifikasi halal untuk obat tradisional, obat kuasi, dan suplemen kesehatan dimulai sejak 17 Oktober 2021 sampai dengan 17 Oktober 2026. Untuk obat bebas dan obat bebas terbatas dimulai sejak 17 Oktober 2021 sampai dengan 17 Oktober 2029. Obat dengan resep dokter, psikotropika dikecualikan mulai 17 Oktober 2021 sampai dengan 17 Oktober 2034.